“Chaque corps a des secrets.”
Temperance Brennan est une anthropologue hautement qualifiée qui travaille à l'Institut Jeffersonian. En examinant les squelettes de personnes décédées, elle est capable d'en reconstituer la vie et les circonstances de la mort. De telles capacités n'échappent pas au FBI qui fait appel à ses services dans le cadre d'affaires criminelles lorsque les méthodes traditionnelles d'identification des corps ne donnent rien. Temperance travaille en collaboration avec l'agent spécial Seeley Booth, ancien sniper de l'armée qui se méfie de la science et des scientifiques.
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Sept mois après avoir quitté les États-Unis, le docteur Brennan et l’agent Booth se retrouvent à Washington à la demande de Caroline. La réputation et la carrière du docteur Camille Saroyan sont en jeu. L’équipe de l’Institut Jefferson, partie aux quatre coins du monde, se reconstitue alors pour identifier le corps d’un enfant dont la disparition fait polémique. Mais rien n’est plus vraiment comme avant : Angela et Hodgins attendent un enfant, Sweets et Daisy sont émus de se revoir et Booth avoue à Brennan avoir fait la rencontre d’une journaliste sur le front afghan.
Les restes d’un couple sont retrouvés dans une grotte située dans un parc national. Une fois les victimes identifiées par l’équipe du docteur Brennan, Booth dispose de très peu de suspects à interroger. Durant l’enquête, l’agent reçoit la visite surprise de sa petite amie Hannah, qui a demandé son affectation à Washington. L’arrivée de la journaliste laisse Brennan incertaine quant à ses relations avec Booth.
Le corps sans vie d’un jeune homme de 23 ans a été retrouvé sur une plage du New Jersey, près d’une boîte de nuit. Contrairement à l’agent Booth, Brennan est à l’aise dans l’univers très looké des guidos auquel appartenait la victime et au sein duquel ils mènent l’enquête. Pendant ce temps, Booth propose à Hannah d’emménager avec lui et Angela tente de garder secret l’heureux événement qu’elle attend.
Un crâne et deux mains sont retrouvés dans une poubelle. Pour cette enquête, Bones se voit contrainte de prendre comme assistant, un animateur télé d'émission scientifique pour la jeunesse, qui veut l'inviter dans son show.
Un morceau de crâne est retrouvé dans une dalle de béton, mais il semblerait que le reste du squelette ait disparu. L'équipe de l'institut Jefferson découvre qu'il s'agit d'un danseur classique reconverti dans le hip-hop de rue.
Le navire négrier Amalia rose a été retrouvé, et l'équipe du Jeffersionian est chargée d'identifier les restes. Mais parmi les corps, un squelette d'un jeune homme mort depuis seulement un mois est identifié, recouvert d'un duvet long et rose.
Lors de l'homologation de la plus grande tablette de chocolat du monde, un corps est retrouvé dedans. Pendant ce temps, Hodgins veut annoncer officiellement la grossesse d'Angela alors que tous sont au courant, et Camille s'inquiète de voir partir Michelle à l'université.
Une affaire s'annonce étrange pour Bones : un squelette est retrouvé dans un pick-up qui a explosé et les os auraient fondu, une impossibilité pour l'anthropologue. Il identifie néanmoins la victime, ce qui les mène vers un ferrailleur et un lycée où des jeunes rebelles se distinguent. Sweets se charge de leur interrogatoire.
Alors que Bones organise un dîner chez elle avec Booth, Hannah, Angela et Hodgins, ils sont appelés pour une affaire : une femme chirurgien dont le squelette est retrouvé entre les racines d'un arbre. Mais au fur et à mesure qu'elle se découvre des points communs avec la victime, Bones va de plus en plus s'identifier à elle.
Un corps est retrouvé en décomposition sous l'eau de la douche d'un appartement. La propriétaire est une jeune fille riche superficielle, qui a disparu depuis plusieurs jours. L'atmosphère devient un peu tendue depuis les confessions du Dr Brennan à Booth, mais l'enquête doit être menée.
Le procès de Heather Taffet, le Fossoyeur, va avoir lieu. Booth, Sweets et le procureur Caroline Julian sont présents quand la tueuse en série est abattue d'une balle qui lui explose la tête. Cette mort et ses circonstances vont toucher beaucoup de personnes.
Le corps d'un fermier est retrouvé dans un champ de maïs. Bones et Booth découvrent qu'il avait épousé trois sœurs, soit autant de suspectes. Parallèlement à cette affaire, Camille a du mal à concilier vie professionnelle et vie privée, son petit ami étant lui aussi débordé.
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