“Chaque corps a des secrets.”
Temperance Brennan est une anthropologue hautement qualifiée qui travaille à l'Institut Jeffersonian. En examinant les squelettes de personnes décédées, elle est capable d'en reconstituer la vie et les circonstances de la mort. De telles capacités n'échappent pas au FBI qui fait appel à ses services dans le cadre d'affaires criminelles lorsque les méthodes traditionnelles d'identification des corps ne donnent rien. Temperance travaille en collaboration avec l'agent spécial Seeley Booth, ancien sniper de l'armée qui se méfie de la science et des scientifiques.
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Brennan et Booth ont changé de vie : Temperance se consacre à sa carrière d'écrivain et ses deux enfants tandis que Seeley est devenu instructeur pour les jeunes recrues du FBI. Mais un soir, le FBI retrouve un corps calciné dans une fourgonnette et tous les indices semblent indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan revient aussitôt à l'institut Jefferson pour inspecter elle-même les os, refusant de croire à la mort de son mari…
Brennan a prouvé que le corps carbonisé était celui du frère de Booth. Aubrey poursuit l'enquête avec l'agent Grace Miller des affaires internes, dont le co-équipier a disparu avec un document contenant les noms d'une centaine d'agents du FBI infiltrés. Gravement blessé, Booth s'efforce de rester en vie aux côtés des partenaires de crime de son frère…
Temperance est de retour à l'institut Jefferson, de même que Booth a repris son poste au FBI. Tous deux enquêtent sur le meurtre d'un inventeur dont les organes ont été revendus sur le dark web. Par ailleurs, Camille reçoit le soutien de ses collègues après sa rupture avec Arastoo et Hodgins organise une exposition photo pour Angela.
Le corps d'un agent immobilier est découvert dans les bois, rongés par des coyotes-loups et le crâne endommagé par le tir d'un jeune chasseur. Pour déterminer les causes de la mort de ce passionné de football virtuel, Bones se fait épauler par une experte en anthropologie médico-légale, le Dr Beth Mayer, dont elle jalouse le talent…
Le corps d'une jeune étudiante en médecine est retrouvé sous le plancher d'une église abandonnée, à côté d'un cercueil contenant le squelette, sans tête, d'un officier anglais du XIXe siècle. L'institut Jefferson voit alors débarquer l'agent Abbie Mills et Ichabod Crane, un duo d'enquêteurs venus relier cette affaire à une série de crimes inexpliqués à Sleepy Hollow et rapatrier la dépouille centenaire…
Le FBI et l'institut Jefferson sont mobilisés sur une enquête très sensible et médiatique : le meurtre du sénateur de Virginie. Ancien directeur de mine, l´homme était très proche de la sénatrice Hayley Winters qui l'avait convaincu de voter un amendement allant contre ses convictions…
Alors que Booth et Brennan s'opposent sur le rituel de la petite souris pour leur fille, tous deux enquêtent sur le meurtre d'une magicienne, experte en tours d'évasion. À l'institut Jefferson, Camille craint que le photographe et mentor d'Angela, Sebastian Kohl, n'ait pas que des motivations professionnelles envers la jeune femme mariée…
Une célèbre journaliste politique est retrouvée dans l'étang d'un parcours de golf. À l'origine de révélations explosives sur des opérations menées par la NSA, la femme avait obtenu ses éléments d'un informateur au sein de l'agence de sécurité nationale. Le FBI et l'institut mènent leur enquête avec la crainte d'être sur écoute…
L'enquête sur la mort d'un comptable, passionné de Far West, conduit Booth et Brennan à infiltrer « le jeu des pionniers », un concours de tirs en tenues d'époque. Par ailleurs, Angela et Hodgins s'interrogent sur leur vie familiale et Camille se laisse séduire par le photographe Sebastian Kohl.
L'équipe enquête sur le meurtre d'un officier de police qui va choquer le Jeffersonian et le FBI. L'analyste comportementale, Leslie Green, est assigné pour travailler avec Booth sur cette enquête et donne ses évaluations personnelles sur qui pourrait être le meurtrier. Pendant ce temps, Cam doit prendre des décisions importantes dans sa vie personnelle et l'équipe entière doit faire le point pour comprendre ce qui est vraiment important pour eux.
Hodgins sort de huit semaines de rééducation et peut sortir de l'hôpital, mais il est encore en fauteuil roulant et son médecin est pessimiste. Il refuse cependant d'abandonner le travail et tient à participer à l’enquête sur la mort d'une avocate connue pour défendre les criminels pauvres.
Le corps d'un homme a été retrouvé carbonisé dans sa voiture et le Jeffersonian est chargé de l’identifier. Il s'agit d'un homme reconverti dans le masculinisme après un mariage houleux. La mauvaise humeur de Hodgins, dont l'état de santé ne s'améliore pas, devient vite un souci pour Camille et Angela.
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