Scrubs est une série centrée sur la vie du personnel de l'hôpital du Sacré-Cœur et particulièrement sur celle de John Dorian, alias « J.D. ». Au début de la série, J.D. est un jeune interne qui entre à l'hôpital, tout comme son meilleur ami et colocataire, l'apprenti-chirurgien Christopher Turk. Ils sont accompagnés dans leurs premiers pas par leur camarade Elliot Reid, jeune femme brillante mais névrosée au charme de laquelle J.D. n'est pas insensible, et par Carla Espinosa, infirmière au caractère bien trempé qui ne laisse pas Turk indifférent.
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L'hôpital du Sacré-Cœur accueille un nouveau médecin, la psychologue Molly Clock, sujette à des moments d'égarement. JD, que le Dr Clock appelle Johnny, entame sa dernière semaine d'internat et doit s'habituer à diagnostiquer seul ses patients quand il sera officiellement médecin. Turk et Carla, revenus de lune de miel, se rendent compte que le mariage est fait de concessions.
Molly travaille sur la résolution des conflits en milieu hospitalier et choisit le docteur Cox comme sujet d'étude. Pourvue de bonnes intentions, elle tente de réconcilier JD et Elliot, en compétition pour décrocher le poste de Chef des internes. Pendant ce temps, Cox, JD et le concierge essaient de résoudre le mystère de l'hôpital : comment extraire une ampoule du ventre d'un patient sans la briser ?
Apprendre soudain qu'ils sont toujours mariés sème la discorde entre Perry et Jordan, filant le parfait amour divorcés. Après une opération ratée, Turk perd confiance en lui. A l'inverse, JD, promu co-chef des internes, jouit pleinement de son statut de responsable. Pendant ce temps, Molly continue de distiller ses conseils psy à tout l'hôpital...
Briefant ses internes sur les risques d'erreur de prescription, JD prend soudain conscience qu'il pourrait un jour tuer un patient. Pour ne pas commettre l'erreur fatale, il évite de réaliser toute intervention délicate. Pendant ce temps, Elliot en veut terriblement à Molly. Puis, Carla culpabilise d'avoir perdu le chien empaillé de Turk et accepte l'aide du concierge pour le retrouver...
Elliot découvre que la vie de Molly est loin d'être aussi parfaite qu'on pourrait le supposer. Quant à Carla, réveillée toutes les nuits par Turk, elle tente de trouver un arrangement avec lui...
JD est sous le choc : Dan, qui vient de refaire surface, lui a annoncé que leur père était mort. Les collègues de JD sont là pour l'entourer et le soutenir, à l'exception du docteur Cox...
A peine remis de la mort de son père, JD surprend son frère Dan flirter avec Elliott. Pour briser le couple, Turk lui conseille de jouer l'homme au cœur blessé. Le docteur Kelso ne parvenant pas à soutirer illégalement des antidépresseurs au psychiatre, qui arpente les couloirs arborant un optimiste désarmant le docteur Cox à chaque passage ; l'un et l'autre s'allient pour miner le moral de Molly.
Après que Molly ait accepté un emploi dans une autre ville, elle et JD passent la nuit entière à s'embrasser et il tente par tous les moyens de faire l'amour avec elle avant son départ. Le Dr Cox, lui, embarque dans une ambulance de service avec une femme très agitée et perturbée qui vient de perdre son fils dans un accident.
Neena Broderick, dont la réputation d'avocate requin précède le personnage autoritaire et sexy, fait pression sur JD pour que son père, hospitalisé, bénéficie des meilleurs soins. Et pendant que Turk met tout en œuvre pour éviter un patient hypocondriaque, Elliott tente de trouver une nouvelle orientation professionnelle pour Doug...
Toujours dans les couloirs du Sacré-Cœur, Neena attaque Turk pour le compte de M. Corman, patient hypocondriaque. Pour éviter d'être au centre des tensions entre Turk et l'avocate, JD essaie de rompre, mais Neena refuse. Quant à Elliot, elle cherche à prouver qu'elle a évolué professionnellement.
J.D. prend les choses en main pour retrouver un parent de son patient favori. Pendant ce temps, Elliot en a marre de ne pas être prise au sérieux. Elle découvre alors qu'elle peut obtenir ce qu'elle veut grâce à sa féminité et à l'aide de Carla et de Jordan...
Quand J.D. doit expliquer à un groupe d'étudiants en quoi consiste le métier de médecin, il choisit délibérément de laisser tomber les discours convenus et préfère leur raconter quelques-uns des meilleurs moments de sa carrière. Il met ensuite au défi les autres membres de l'équipe d'en faire autant, et chacun à son tour se met alors à raviver ses plus anciens souvenirs liés au monde médical. Pendant ce temps, Eliott est bien obligée de surmonter son malaise face aux enfants, lorsqu'elle doit sympathiser avec un petit garçon de dix ans dont le père est soigné dans le centre hospitalier.
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