Les tortues, Leo, Raph, Donnie et Mikey, font cavalier seul pour la première fois et sont confrontées à de nouvelles menaces tout en gérant les pressions liées à l'entrée au lycée de New York.
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Les frères de Raph ne comprennent pas qu'il a BESOIN de se battre. Et qu'il est doué pour ça. Malgré leur désaccord, les Tortues vont devoir empêcher Bebop et Rocksteady de détruire la ville !
Le rêve de Raphaël se réalise quand il affronte Rocksteady, Bebop et Mondo dans l'arène secrète de combat des Mutants. Il ne sait pas qu'il est tombé dans le piège de Kitsune et des Dragons Pourpres !
Avec sa famille et ses amis sous l'emprise de Kitsune, Raph ne veut plus se battre dans l'arène des Mutants. Mais il y sera contraint (avec l'aide de Pete le pigeon) s'il veut tous les sauver.
Les Mutanimaux pensent que les Tortues ont agressé Ray Fillet. Mais c'est une tortue-alligator mutante appelée Tokka qui sévit. Donnie la suit dans son laboratoire terrifiant de Staten Island.
Pour sauver Wingnut des griffes des autres Mutanimaux, Donnie pénètre dans le labo d'un savant fou. En suivant Tokka, la tortue géante, ses frères le retrouvent, mais la situation va se compliquer.
Léo, Mikey et Raph sont enlevés par Jordan Perry, un savant fou, et ses Mutanimaux. Donnie est chargé d'empêcher une invasion de mutants et de sauver Staten Island des griffes du Mutant Oméga.
Après avoir sauvé des usagers du métro, Léo se découvre une vocation de super-héros et devient le Ninja de la Nuit ! Mais la voleuse de chiens La Fleur va s'opposer à lui avec son gang.
Un superméchant menace les chiens de la ville. Ce déséquilibré du nom de Scratch a horreur des canidés. Il exige un face à face avec le Ninja de la Nuit. Leo, April et les Tortues se méfient.
Léo le Ninja de la nuit fait sa dernière sortie pour affronter le méchant matou Scratch et ses puces vampires. Après quinze ans de ressentiment du chat contre Splinter, la bataille finale s'engage.
Personne n'aime Rod, pas même les Tortues. L'ex-stagiaire de Bishop essaye toujours les kidnapper pour leur énergie vitale, mais il se fait lui-même enlever. Mikey suspecte Bishop et ses Méchazoïdes.
A la recherche de Rod, Mikey interroge sa sœur MAUDE et son frère TODD, deux grands excentriques qui veulent mettre la main sur de l'énergie vitale de Mutant. Mais n'est-il pas déjà trop tard ?
Qui a kidnappé Rod ? Où est l'énergie vitale ? Pourquoi la famille de Rod est-elle si bizarre ? Rod Senior devra s'expliquer... L'aide de Rod Junior suffira-t-elle aux Tortues, pour vaincre CroupieMan ?
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