“Une nouvelle porte s'ouvrira. Une ville perdue renaîtra.”
Une nouvelle porte des étoiles découverte au milieu des glaces de l'Antarctique devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pégase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : les Wraith...
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L'expédition d'Atlantis a survécu au premier assaut des Wraith -qui sont déjà en train de préparer la deuxième vague ! McKay imagine un plan intelligent mais risqué, et le temps joue contre lui...
L'équipe d'Atlantis rend visite à la terre par la porte des étoiles. Pendant le voyage de retour, le Dédale est attaqué par un virus informatique qui permet aux Wraith d'accéder à son hyperpropulsion - et à la Terre.
L'équipe Atlantis part à la recherche de Aiden Ford qui s'est enfui après avoir connu une mutation. Mais durant cette recherche, ils vont découvrir un homme devenu la proie des Wraiths.
Une technologie Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête de McKay. Les scientifiques de la mission vont alors tout faire pour que la situation redevienne normale.
L'équipe d'Atlantis arrive sur une planète qui vit en relative harmonie avec un Wraith. Les habitants livrent leurs prisonniers et criminels aux Wraiths pour être en paix.
Ronon Dex découvre que son peuple n'a pas totalement été annihilé par les Wraiths puis il part à la recherche de Kell, son ancien maître d'arme, pour régler quelques affaires.
Sur un monde non répertorié, l'équipe découvre une jeune Wraith qui a été élevée comme une humaine. Le Dr Beckett travaille sur un rétrovirus destiné à la débarrasser de son ADN Wraith. Mais que lui arrivera-t-elle si elle se sert du rétrovirus avant qu'il n'ai était achevé ? Pendant ce temps là, l'équipe fait la connaissance du docteur Keller.
Le Lieutenant Colonel Sheppard absorbe le médicament anti-wraith du Dr Beckett, et sa réaction est inattendue. Il subit une transformation physique perturbante. Ces effets peuvent-ils être inversés avant qu'il ne soit trop tard ?
Quand l'équipe découvre un vaisseau Ancien, McKay et Sheppard sont surpris de découvrir que l'équipage à bord connaît une faille à propos de la technologie Wraith.
L'équipe du Lieutenant Colonel Sheppard est capturée par un groupe dont le chef n'est autre que le Lieutenant Aiden Ford. Ce dernier veut prouver à l'expédition qu'il n'est pas fou et que l'enzyme peut être un atout dans la lutte contre les Wraiths. Il élabore alors un plan avec l'aide de Sheppard et McKay pour détruire un vaisseau ruche qui est en approche, mais tout ne se passe pas comme prévu...
Sheppard et son équipe sont faits prisonniers et emmenés à bord d'un vaisseau ruche, où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut des informations sur la façon dont il a infiltré le vaisseau. De leurs côté Teyla et Ronnon commencent à sentir le manque d'enzyme... McKay trouvera-t-il un moyen de les tirer de là ?
Sur la planète alien, Sheppard traverse une porte menant à une caverne, et il se retrouve prisonnier d'un monde ou le temps passe plus rapidement. L'équipe doit le récupérer avant qu'il ne meure de vieillesse.
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