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De retour de vacances, le étudiants de Greendale assistent à un nouveau cours, «Anthropology 101», auquel participe également Señor Chang, qui s'inscrit comme étudiant. Britta, qui a osé avouer ses sentiments en public à Jeff durant le Bal de fin d'année, devient malgré elle la coqueluche du lycée. Mais cette situation l'embarrasse terriblement. Les tensions s'exacerbent entre Jeff, Britta et Annie. Troy, qui a passé l'été chez Pierce, s'amuse à poster sur un réseau social les propos désobligeants tenus par ce dernier durant l'été. Des propos bientôt relayés sur tout le campus...

A Greendale, Jeff tombe sur Alan, un ancien ami et collègue avec lequel il avait l'habitude de faire les 400 coups, venu participer à une réunion pour Narcotiques Anonymes. Alan invite alors Jeff à une soirée donnée par le cabinet d'avocats. Annie, qui a déjà croisé son chemin lors d'une réunion NA, se souvient l'avoir un jour entendu se vanter d'avoir fait radié un collègue. Pensant qu'il s'agit de Jeff, le groupe tente de mettre son ami en garde contre Alan et enquête durant la soirée. De son côté, Senor Chang espère pouvoir rejoindre le groupe lors de la compétition de danse organisée par le doyen...

Avec l'aide de ses amis, Pierce doit faire face au décès de sa mère. Ses croyances le poussent à croire qu'elle n'est pas partie pour toujours et que son âme vit dans une lampe. D'abord indifférent, Jeff se met en tête de lui prouver son erreur. Il est contrarié après avoir appris qu'il doit surveiller son cholestérol. Britta et Annie tentent de recueillir des donations pour la sauvegarde des fonds marins menacés après une marée noire. Le professeur Duncan, qui a remplacé June Bauer, peine à assurer le cours d'anthropologie...

Le doyen Pelton fait l'acquisition d'un vieux simulateur de vol, bien décidé à ne pas se laisser devancer par l'université rivale, sur le point de révéler sa propre navette. Alors que le groupe d'amis s'active pour remettre en état la machine, il déclenche accidentellement sa mise en route. Les apprentis astronautes entament alors un voyage inattendu et forcé dans l'espace. Abed, parti chercher sa combinaison au moment du départ, est le seul resté à terre. Il tente d'aider ses amis à reprendre le contrôle de la machine tout en oeuvrant à distance pour leur retour...

Pour exprimer sa foi chrétienne, Shirley se lance dans la réalisation d'une vidéo sur Jésus. Elle fait alors appel aux talents artistiques d'Abed. Mais celui-ci reprend vite le projet à son compte, allant même jusqu'à envisager d'interpréter le premier rôle. Choquée, Shirley tente de stopper la folie créatrice de son ami avant qu'il n'aille trop loin. Pendant ce temps, Pierce, le doyen du groupe, est recruté par un groupe d'élèves de son âge, une bande de têtes grises qui sème le trouble sur le campus...

Une étrange épidémie se propage durant la fête d'Halloween qui bat son plein à Greendale. Pierce, déguisé en Capitaine Kirk, et plusieurs autres élèves victimes d'une intoxication alimentaire se transforment progressivement en zombies. Jeff découvre alors que l'excentrique doyen Pelton, qui a profité de l'occasion pour se déguiser en Lady Gaga, s'est fourni en nourriture auprès d'un stock de surplus militaire. Ce dernier fait appel à l'armée qui décide de placer le campus en quarantaine. Elle recourt aussi à un produit chimique censé effacer la mémoire des participants. Pendant ce temps, Shirley et Señor Chang se rapprochent...

Un conflit éclate en plein cours entre un groupe d'étudiantes populaires et médisantes et les trois filles du groupe. Britta, Shirley et Annie appellent Abed à la rescousse. Chargé de remettre à sa place la bande d'arrivistes menée par la redoutable Meghan, Abed prend son rôle très à coeur. Il se transforme en vraie machine de guerre, s'en prenant même à ses amies. Pendant ce temps, Jeff et Troy découvrent un vieux trampoline sur le campus qui devient leur zone secrète de méditation. Mais Pierce, bien décidé à découvrir la source de leur félicité, se joint au binôme et transforme leur paradis en enfer...

Au moment où le groupe d'études s'apprête à sortir pour assister à un défilé de chiots dans la cour, Annie découvre que son stylo favori a disparu. Furieuse, elle soupçonne un de ses camarades de l'avoir dérobé et propose de fouiller les sacs un à un. Le groupe décide de s'enfermer jusqu'à ce que le coupable soit démasqué. Alors que Jeff prend la tête des opérations de recherche, l'équipe découvre un test de grossesse positif dans les affaires de Shirley. Abed, lui, a consigné dans un journal les dates des cycles menstruels de ses amies. Mais le fameux stylo, lui, reste introuvable...

En vérifiant les horaires des classes, le doyen de Greendale découvre une irrégularité dans le planning de Jeff. Ce dernier est accusé de s'être inscrit à un cours fictif consacré aux théories du complot, ce dont il se défend. Mais quand ce dernier semble sur le point d'être confondu, un mystérieux professeur dénommé «Professorson» sort de l'ombre et confirme la version donnée par Jeff. Celui-ci finit par avouer à Annie qu'il n'a jamais vu cet homme de sa vie, et les deux amis décident d'enquêter sur l'intrus. Ce faisant, ils reçoivent des menaces. De leur côté, Abed et Troy entament la construction d'un fort en couvertures et en coussins...

Troy a 21 ans. Pour fêter sa majorité, le groupe décide d' aller écumer les bars en sa compagnie. Les amis atterrissent au Ballroom, une adresse que connaît bien Shirley. Toute la soirée, la mère de famille tente de dissimuler des photos d'elle compromettantes affichées sur les murs de l'établissement. Abed fait la connaissance d'un geek fan de science-fiction en quête d'un partenaire sexuel. Britta et Jeff, visiblement éméchés, enchaînent les cocktails. Spectateur impuissant des ravages de l'alcool sur ses amis, Troy choisit l'abstinence et devient l'adulte du groupe pour un soir...

C'est le dernier jour de classe avant les fêtes. A son réveil, Abed se trouve immergé dans un monde animé en stop-motion. Il prend cela comme un signe et invite ses amis à partir avec lui à la recherche du véritable sens de Noël. Inquiets pour sa santé mentale, Jeff et Britta font appel au professeur Duncan qui propose d'hypnotiser Abed afin de trouver la source de son délire. Celui-ci se laisse finalement convaincre par une thérapie de groupe. S'engage alors un curieux voyage, entraînant le groupe d'amis jusque dans les souvenirs d'enfance les plus enfouis d'Abed...

Le groupe d'amis se retrouve après les vacances d'hiver. Annie laisse entendre qu'elle a rencontré quelqu'un mais garde le secret sur son identité. Quand le professeur Rich fait une arrivée surprise en plein cours de poterie et se rapproche d'Annie, le groupe d'amis comprend alors qu'il s'agit de lui. Jeff voit d'un mauvais oeil cette idylle avec son ennemi juré, qu'Annie voudrait intégrer au groupe au détriment de Senor Chang. Shirley, quant à elle, s'est réconciliée avec son ex-mari André et dévoile sa grossesse. Mais Troy sème le trouble en révélant sa relation sexuelle avec Chang durant la fête d'Halloween...