En 1973, l'agent John Bentley, envoyé à Berlin pour une mission de la CIA, a été capturé par le KGB et placé sous le programme expérimental Tsikada pour prendre le contrôle de son esprit... De nos jours, l'Opération Treadstone, le programme de conversion secret de la CIA qui a façonné Jason Bourne, a été réinitialisé. Partout dans le monde, des agents dormants, qui ont vécu durant des années dans l'ombre tels des citoyens ordinaires, sont "réveillées" et affectés à de dangereuses missions. Parmi eux, Doug Mckenna, ouvrier américain sur une plateforme pétrolière dans l'Arctique, et Soyun Pak, mère et épouse sans histoire en Corée du Nord, se découvrent d'incroyables capacités de combat.
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