L'histoire suit Eren Yeager et Mikasa Ackerman entrant Titan Jr. High, une école où les humains et les Titans étudient dans la même région en coexistence. En raison d'un événement «traumatisant», où le Titan colossal a mangé son déjeuner au collège, Eren déteste les Titans, et essaie constamment de trouver un moyen de débarrasser la terre de leur espèce. A cause de cela, il a du mal à se faire des amis, beaucoup à l'inquiétude de Mikasa.