Dans un futur proche où les humains ont été vaincus par des parasites viraux nommés Gastrea, les derniers survivants se sont exilés sur un petit territoire où ils vivent dans le désespoir le plus complet et la terreur. Dans ce monde prisonnier des ténèbres, Rentaro, un garçon vivant à proximité de Tokyo est membre de la « sécurité civile » une organisation spécialisée dans le combat contre les Gastrea, est habitué à accomplir des tâches dangereuses. Sa partenaire est Enju, une jeune fille précoce. Ils combattent grâce à leurs pouvoirs bien particuliers jusqu'à ce qu'un jour, ils reçoivent une mission spéciale du gouvernement. Cette mission top secrète est de prévenir la destruction de Tokyo…
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