À la mort de ses parents, Utena Tenjô se voit offrir une bague ornée d’un sceau en forme de rose par un mystérieux jeune homme. Profondément marquée par cette rencontre, cette dernière, désormais animée par un idéal chevaleresque, décide de se grimer en garçon pour suivre ses traces. Des années plus tard, alors qu’elle intègre l’Académie Ôtori, elle se retrouve mêlée malgré elle à une série de duels énigmatiques où le vainqueur remporte la main d’Anthy, la « Fiancée de la Rose ». Dès lors, Utena découvre l’existence d’une société secrète dont les intentions pourraient bien mener à l’Apocalypse…