En 2012, après les événements de Digimon Adventure : Last Evolution Kizuna, les jeunes adultes DigiDestined — Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari et Ken — doivent concilier leurs nouvelles responsabilités avec leurs partenaires Digimon. Mais Rui Owada, un jeune homme mystérieux, apparaît, prétendant être le premier humain à s’associer avec un Digimon-Ukkomon. Rui aurait-il vraiment pu être le premier DigiDestined ?