Dans un petit village de pêcheurs, un jeune graçon découvre un oeuf. Naît alors une petite tortue qui n'est pas comme les autres, c'est un Gamera : un animal aux grands pouvoirs qui ne cesse de grandir. Alors que sa famille adoptive tente de le protéger contre la société, une nouvelle menace fait son apparition. Le jeune Gamera pourra-t-il sauver le village ?